A Escola Básica Integrada dos Biscoitos foi inaugurada em setembro de 1983, contando já com mais de 30 anos de atividade ao serviço da educação, período durante o qual esta instituição viveu diversas alterações quanto ao respectivo território educativo, aos níveis de ensino ministrados e à sua designação.
Esta escola entrou em funcionamento no ano letivo de 1983/84, tendo sido decretado pelo João Bosco Mota Amaral, pelo Decreto Regulamentar Regional n.º 40/1983/A, de 2 de setembro, e designava-se Escola Preparatória dos Biscoitos. Inicialmente, apenas lecionava até ao 2.º ciclo, e mais tarde abrange o 3.º ciclo, sendo o ensino do 5.º ao 9.º ano, contando com 9 docentes, 8 administrativos e 12 auxiliares.
A meio da década de 90 do passado século a Escola Preparatória dos Biscoitos, a par do que sucedeu com as suas semelhantes, passou a designar-se EB2,3 dos Biscoitos.
Em 1998, é criada a Escola Básica Integrada dos Biscoitos, pelo Decreto Regulamentar Regional n.º 10/1998/A, de 2 de maio, sendo esta composta pelas EB2,3 dos Biscoitos, EB/JI de Biscoitos, EB1 de Arrochela, Biscoitos, EB/JI de Quatro Ribeiras, EB/JI de Altares e EB/JI de Raminho.
No ano letivo 2000/2001, por razões de logística, pela primeira vez alunos do 1.º ciclo do Ensino Básico (matriculados na EB1 de Arrochela) passam a frequentar o edifício sede da EBI dos Biscoitos.
Mais tarde os estabelecimentos de ensino situados na freguesia dos Biscoitos foram fundidos, surgindo a EB1,2,3/JI dos Biscoitos, o que levou à concentração de todos os alunos no complexo da Ponta Negra e encerramento do edifício escolar situado na Rua da Igreja.
Em 5 de setembro de 2007 a EB1/JI de Quatro Ribeiras foi extinta, incorporando-se na EB1,2,3/JI dos Biscoitos. Entretanto também a EB1/JI do Raminho já foi extinta.
Hoje em dia a EBI dos Biscoitos tem alunos desde a Educação Pré-Escolar até ao 3.º ciclo do Ensino Básico. A sua área pedagógica abrange as freguesias de Quatro Ribeiras, Biscoitos, Altares, Raminho, Serreta e Doze Ribeiras[1], sendo o território administrativo formado pelas freguesias de Quatro Ribeiras, Biscoitos, Altares e Raminho.
[1] De acordo com o Despacho n.º 561/2004, de 27 de julho de 2004, sendo que os alunos do 2.º e 3.º ciclos residentes na Serreta ou nas Doze Ribeiras podem optar por outras escolas.
